內(nèi)蒙古醫(yī)科大學(xué)總共有72個(gè)專業(yè)。

內(nèi)蒙古醫(yī)科大學(xué)本科專業(yè)有64個(gè)：醫(yī)學(xué)影像學(xué)、醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)、口腔醫(yī)學(xué)、中醫(yī)學(xué)、針灸推拿學(xué)、蒙醫(yī)學(xué)、法醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、護(hù)理學(xué)、麻醉學(xué)、中藥學(xué)、預(yù)防醫(yī)學(xué)、藥物制劑、應(yīng)用化工技術(shù)、化學(xué)制藥技術(shù)、數(shù)控技術(shù)、生物技術(shù)、蒙藥學(xué)、煤炭深加工與利用、信息管理與信息系統(tǒng)、臨床醫(yī)學(xué)與醫(yī)學(xué)技術(shù)、應(yīng)用心理學(xué)、煤質(zhì)分析技術(shù)、石油化工生產(chǎn)技術(shù)、公共事業(yè)管理、護(hù)理學(xué)類（中外合作辦學(xué)）、化工設(shè)備維修技術(shù)、電力系統(tǒng)自動(dòng)化技術(shù)、護(hù)理學(xué)（蒙授理科）、電氣自動(dòng)化技術(shù)、婦幼保健醫(yī)學(xué)、心理學(xué)類(中外合作辦學(xué))、市場(chǎng)營(yíng)銷(xiāo)、熱能動(dòng)力設(shè)備與應(yīng)用、計(jì)算機(jī)應(yīng)用技術(shù)、會(huì)計(jì)電算化、高分子材料應(yīng)用技術(shù)、衛(wèi)生檢驗(yàn)、會(huì)計(jì)與審計(jì)、環(huán)境監(jiān)測(cè)與評(píng)價(jià)、食品營(yíng)養(yǎng)與檢測(cè)、材料工程技術(shù)、物流管理、計(jì)算機(jī)控制技術(shù)、工業(yè)分析與檢驗(yàn)、食品加工技術(shù)、旅游管理、臨床藥學(xué)、計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)技術(shù)、電子商務(wù)、英語(yǔ)、建筑裝飾材料及檢測(cè)、生產(chǎn)過(guò)程自動(dòng)化技術(shù)、勞動(dòng)與社會(huì)保障、中藥資源與開(kāi)發(fā)、廣告設(shè)計(jì)與制作、電子信息工程技術(shù)、制藥工程、精細(xì)化學(xué)品生產(chǎn)技術(shù)、工商管理類(中外合作辦學(xué))、機(jī)電一體化技術(shù)、建筑裝飾工程技術(shù)、藥學(xué)類(中外合作辦學(xué))。

內(nèi)蒙古醫(yī)科大學(xué)專科專業(yè)有5個(gè)：蒙醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)技術(shù)、藥物制劑技術(shù)、眼視光技術(shù)。

內(nèi)蒙古醫(yī)科大學(xué)其他專業(yè)有3個(gè)：生物科學(xué)類（中外合作辦學(xué)）、藥學(xué)類（中外合作辦學(xué)）、工商管理類（中外合作辦學(xué)）。