福建中醫(yī)藥大學總共有16個專業(yè)。

福建中醫(yī)藥大學本科專業(yè)有14個：中醫(yī)學、針灸推拿學、護理學、制藥工程、醫(yī)學影像學、食品科學與工程、中藥學、市場營銷、臨床醫(yī)學、公共事業(yè)管理、應用心理學、中西醫(yī)臨床醫(yī)學、藥物制劑、藥學。

福建中醫(yī)藥大學其他專業(yè)有2個：康復治療學、信息管理與信息系統(tǒng)。